該当の記事は版元としてというより、「電子書籍制作者」としての意見だと思います。
みんな「リフローなしでよい」と思っていればよいのですが、そうでない人は読者にもいますし。

また現実的に、現行の電子書籍端末やスマホでスキャンものを読むのは非常につらいという点もあると思います。
今後電子書籍端末の解像度やパフォーマンスが上がったり、タブレットが主流になれば変わってくるかもしれませんけれど。
（なんだかんだでスマホが主流じゃないかと思うので、そうであるうちは難しいんじゃないかと思っています）

ちなみに版元がスキャンを嫌がるとすれば、読者が「スキャンしただけなら安くしろ」と言うことだと思ってます。
「高くていいから売ってよ！」と言うのなら喜んで売ると思うんですけどね。

おおなるほど、間違いなく画像ですねこれは。

読者としての立場から言うと、わざわざ時間とコストをかけて「自炊」する人というのは、置き場所に困るくらいたくさんの本を買っている人なわけで、そのニーズに合わせた商品（つまり版面そのまま・リフローではない）をさっさと提供しなさいよ！と思っています。

逆に著者としての立場から言うと、改行位置や改ページ位置って意味の伝わり方が変わるうので、それなりに考えて文章を書いているのに、リフローだと勝手にそれが変わっちゃうんですよね。「この文は1行に収めたい」という意識で表現を変えたりする場合もあるのに、そういう工夫を全部無駄にしてしまうというｗ

こちら（↓）の連載記事を読むと、版元が何にこだわっているのか、というのはある程度理解ができるのですが、「そこってそんなに重要なの？」というのは著者・読者両方の立場からかなり疑問に感じています。
http://internet.watch.impress.co.jp/docs/column/yoake/20120629_543477.html

まあ、徹底的に「底本と同じモノを！」とこだわるなら、印刷最終工程のアウトライン化されたPDFか、画像で配信するという手もありますけどねｗ

＞配信フォーマットやプラットフォームが、JIS第3/第4水準漢字に対応していなかったところに問題がある、とも言えますよね
そうですね。JIS第4まで対応すれば、(中文で使う漢字となると話は別ですが、少なくとも日本において使われる漢字については)珍しい地名も含め、大概の漢字に対応できますからねえ。
ただ、きりがないと思うんです。作者が使おうとしている字が、たまたま対応している(使える)文字コードの範囲にあったら使え、たまたま範囲外だったら使えない、というのでは、表現に用いれる字の自由度において、本質的な解決になってないと思うんです。
だから、鷹野さんの表現をお借りすると「電子のルールに作品を合わせる」、つまりは、電子書籍としての出版をしたいならば、やはりある程度のところで妥協をするしかないのではないかなと思います。

本文でボクは「電子のルールに作品を合わせる」方向の話をしていますが、むしろ配信フォーマットやプラットフォームが、JIS第3/第4水準漢字に対応していなかったところに問題がある、とも言えますよねー。

EPUB3だとかなり問題解消されるらしです。現時点で配信されてる作品をどうするんだ？という問題は残りますがｗ

ただ、ラノベや大衆小説ごとき、と言ってしまうと失礼かつ反感を買いそうですが、ラノベや大衆小説くらいで実際に字形にまで深い意味を持たせている作品がそうそうあるとも思えないですし、コンピュータや各種媒体上での漢字の再現は皆さんご指摘の通り文字コードの問題が数多くありますから、今回のケースみたいなのは簡単に表示できる字に直しちゃっていいと思いますけどね。そもそも電子書籍はその利便性から求められている訳ですから、電子書籍に何もかもを求めるというのがナンセンスなので。
(でも、電書魂さんのところでも指摘がある通り、人名や地名等、固有名詞、それも特に実在するものに関してはそう簡単にいく話ではないと思います。)

長文失礼しました。論点がずれていたかもしれないですね。

おーなるほど、ありがとうございます。そんな背景があるんですね。そりゃ出版社、警戒するわけですね。
http://www5d.biglobe.ne.jp/Jusl/Bunsyo/HyoukiHanrei.html
親告罪なんだから、無断でやらなきゃいいと思うんですけどね（；^ω^）

Kinoppyは専用フォント入れてます。游明朝Pr6N Mというやつですね。

ところで紀伊國屋書店BookWebPlusアプリをダウンロードした際に一緒に専用フォントもダウンロードされませんでしたでしょうか